Kota Ternate sebelumnya merupakan Kota Administratif yang berada dibawah binaan Daerah Maluku Utara. Kemudian, melalui Undang-Undang Nomor 11 Tahun 1999 bersamaan dengan pembentukan Provinsi Maluku Utara, Kota Ternate dinaikkan statusnya menjadi Kotamadya secara administratif Kota Ternate terdiri dari 3 Kecamatan dan 58 Kelurahan. Pada tahun 2001 dimekarkan menjadi 4 kecamatan selanjutnya tahun 2009 dimekarkan kembali menjadi 7 kecamatan.
Pada tahun 2016 melalui Peraturan Daerah Kota Ternate Nomor 1 Tahun 2016, Kota Ternate berkembang menjadi 8 kecamatan dengan kecamatan Ternate Barat sebagai kecamatan baru, pemekaran dari Kecamatan Pulau Ternate.
Berdasarkan Peraturan Daerah Kota Ternate Nomor 11 Tahun 2016, Pemerintah Kota Ternate membawahi 18 Institusi Dinas, 10 Institusi Badan Daerah, 3 Kantor Pendukung, 3 Sekretariat, 7 Kecamatan, 11 Puskesmas di Kota Ternate. Didalam terdapat 5.856 Pegawai Negeri Sipil, yang terdiri dari 60,41 persennya perempuan dan selebihnya laki-laki. Mayoritas PNS di Kota Ternate merupakan lulusan sarjana, dengan presentase 57.94%. Sementara itu, ada 730 orang yang menjabat pada struktur jabatan di seluruh instansi dibawah Pemerintah Kota Ternate, 58.9% diantaranya adalah laki-laki.
Jumlah wakil rakyat yang duduk pada lembaga legislatif, yaitu Dewan Perwakilan Rakyat Daerah (DPRD) sebanyak 30 orang, dengan 25 orang laki-laki dan 5 orang perempuan. Sebagian besar wakil rakyat pada lembaga ini memiliki pendidikan tertinggi D IV/S1.